Tutoriel d'utilisation

I. Découvrir avec l'atlas

  1. Présentation de l'atlas
    1. L'atlas en un coup d'oeil
    2. Fonctionnalités de l'atlas
  2. Page d'accueil
    1. L'atlas en chiffres
    2. Espèces à découvrir
    3. Observations les plus récentes
    4. A voir en ce moment
  3. Fiches espèces
    1. Aspect général
    2. Identification de l'espèce
    3. Photographies
    4. Informations sur l'espèce
    5. Carte des observations connues
    6. Communes et observateurs
    7. Graphiques
    8. Ressources externes
    9. Vidéos et sons
  4. Fiches communes
    1. Liste des espèces
    2. Carte des observations connues
  5. Galerie photos
  6. Précautions concernant l’utilisation des données

1. Présentation de l'atlas

1.1 L'atlas en un coup d'oeil

Le module Borbonica atlas est un outil de synthèse et de découverte des données naturalistes.

Il se présente sous la forme de synthèses générées automatiquement à partir des observations validées du SINP (cartes, graphiques, etc.) et d'une compilation d’autres ressources issues de diverses sources (fiches espèce, photographies, guides…).

                     _Vidéo de présentation de l'atlas à venir_
  • L'interface de l'atlas est conçue pour faciliter l'exploration des données existantes de manière intuitive. La plupart de ses éléments sont cliquables et permettent de découvrir les multiples facettes de l'outil, ou bien d'accéder aux bases de connaissance associées.
    Alors laissez-vous porter et n'hésitez pas à cliquer sur les images, boutons, symboles... qui composent le site !

1.2 Fonctionnalités de l'atlas

L'atlas comprend 3 fonctionnalités principales :

La barre de menu située à gauche ainsi que les barres de recherche situées à différents endroits permettent à tout instant d'accéderà ces fonctionnalités, ainsi qu'aux pages associées de Borbonica :

Menu

Fonction

Menu i

Rechercher une espèce Consulter une fiche espèce en recherchant un taxon par son nom français, créole ou latin

Menu i

Rechercher une commune Consulter une fiche commune en recherchant une commune par son nom

menu_home

Accueil Revenir à l'accueil de l'atlas

menu_galerie_photos

Galerie photos Explorer la galerie photo de l'atlas

menu_contribuer

Contribuer Aller à la page Contribuer de Borbonica (listes des outils partenaires du SINP permettant d'enrichir la connaissance disponible

menu_mentions_legales

Mentions légales Afficher les mentions légales du portail Borbonica

Menu i

Aide Consulter la section Atlas du tutoriel de Borbonica

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2. Page d'accueil

2.1 L'atlas en chiffres

Un bandeau présente en quelques chiffres les ressources valorisées dans l'atlas :

  • nombre d'observations : nombre d'observations de Borbonica valorisées dans les différentes rubriques de l'atlas (fiches espèces, cartes…)
  • nombre d'espèces : nombre de taxons (espèces, sous-espèces…) faisant l'objet de fiches dans l'atlas
  • nombre de communes : nombre de communes faisant l'objet de fiches dans l'atlas
  • nombre de photos : nombre de photographies valorisées dans l'atlas dans les différentes rubriques (galerie photos, fiches espèces, etc.)

Ces chiffres sont actualisés en temps réel à partir des différentes sources de données utilisées, en particulier à partir du portail Borbonica pour les données d'observations naturalistes.

Bandeau “en quelques chiffres”


2.2 Espèces à découvrir

Cette rubrique détaille par groupe les statistiques générales de l'atlas et propose de découvrir les fiches de quelques espèces de faune vertébrée, invertébrée et de flore faisant. Ces espèces sont sélectionnées aléatoirement à partir de la liste des espèces faisant l'objet d'observations dans Borbonica et associées à une photographie.

Bandeau “Espèces à découvrir”


2.3 Observations les plus récentes

Cette rubrique permet de visualiser les observations les plus récentes intégrées à l'atlas. Ces observations peuvent être découvertes :

  • via la carte, synthétisées par mailles carrées de 10 km de côté. Le côté gauche de la carte permet de zoomer et dézoomer, de passer en plein écran, d'afficher la légende, ou encore de changer de fond de carte
  • via une liste détaillant pour chacune la date et l'espèce observée. Au clic, il est possible de zoomer sur la maille concernée par l'observation ou bien d'afficher la fiche de l'espèce observée.

Carte “Observations les plus récentes”

  • Il n'existe pas d'outils permettant d'alimenter Borbonica en temps réel. Aussi, un délai de plusieurs mois est généralement nécessaire entre le moment où une observation est réalisée sur le terrain et le moment où elle apparaît dans l'atlas.

    Ce délai est nécessaire pour assurer l'import des données dans Borbonica par l'équipe projet Borbonica et leur validation par les têtes de réseau du SINP 974. Il peut être réduit en utilisant les outils de saisie en ligne partenaires partageant leurs données avec le SINP.

2.4 A voir en ce moment

Cette rubrique permet de découvrir les fiches des quelques espèces les plus observées sur la période, c'est-à-dire dans les 15 jours précédant ou suivant la date du jour, toutes années confondues. Cette liste est limitée aux taxons associés à des photographies.

Rubrique “A voir en ce moment”


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3. Fiches espèces

3.1 Aspect général

Pour chacun des taxons présents dans le référentiel taxonomique Taxref ou faisant l'objet d'observations dans Borbonica, une fiche est générée automatiquement en temps réel à partir des observations de Borbonica ainsi que des médias et autres ressources externes associées aux espèces.

  • Par facilité de langage, l'atlas utilise le terme "espèce" pour désigner un taxon.
    En réalité, tous les taxons de rang genre ou inférieur (ex : espèces, sous-espèces, variété, etc.) font l'objet d'une fiche détaillée. Chaque fiche intègre l'ensemble des informations associées aux taxons fils. Par exemple, la fiche du genre Phelsuma agrègera les données de l'ensemble des espèces et sous-espèces associées.

La fiche est constituée de différents blocs détaillés ci-dessous.

Aspect général de la fiche espèce


3.2 Identification de l'espèce

Ce bloc présente en un coup d'oeil les principales informations associées au taxon : noms vernaculaires (français et créole), nom latin, statut (espèce protégée, espèce exotique envahissante), classification taxonomique…

Bloc identification espèce

La plupart des éléments sont cliquables, permettant de découvrir les fiches de taxons aparentés ou d'aprofondir les statuts du taxon en ouvrant la fiche INPN associée.

  • En cliquant sur le nom d'un groupe de rang supérieur (par exemple la famille des Gekkonidae), une page s'ouvre listant dans un tableau les différents taxons faisant l'objet de fiches pour ce groupe. Les colonnes du tableau peuvent être ordonnées en cliquant sur l'entête.

Liste des fiches d'un rang macro


3.3 Photographies

Des photographies peuvent être associées aux taxons. Elles sont issues de différentes sources, en particulier de l'Inventaire national du patrimoine naturel (INPN). La photographie principale apparaît en haut à fauche dans le bloc Identification de l'espèce et les photographies secondaires apparaissent en haut à droite.

Toutes les photos mentionnent leur source (dont le nom d'auteur) et la licence sous laquelle elles sont diffusées.

  • Il est possible de partager ses photos afin qu'elles alimentent l'atlas, voire même l'INPN qui valorise les photographies diffusées en licence libre via un service web. Si vous êtes intéressé, vous pouvez contacter l'équipe projet Borbonica via la rubrique Contact en bas de page.

3.4 Informations sur l'espèce

Ce bloc présente des informations additionnelles sur l'espèce :

  • statut de présence à La Réunion, tel que défini par le référentiel taxonomique Taxref . Lorsqu'un mot apparaît souligné en pointillé, il est associé à une définition qui apparaît au survol
  • milieux dans lesquels les observations de Borbonica ont été réalisées. La carte de référence utilisée est la carte des végétations basée sur la typologie ONF imbriquée sur 2 niveaux (ONF Réunion, janvier 2020)
  • noms latins synonymes issus de Taxref

Bloc information sur l'espèce


  • Même si le volume de données partagé dans le SINP augmente avec le temps, Borbonica ne prétend pas à l'exhaustivité des données. Aussi, la liste des milieux est indicative et ne doit pas être interprétée comme une caractérisation de l'écologie des espèces.

    En effet, elle repose sur des données qui ne sont pas associées à une démarche systématique d'inventaire permettant de corriger les biais statistiques liés aux différences d'efforts de prospection selon les zones.
    Par ailleurs, certaines données peuvent exister mais ne pas encore être intégrées à Borbonica.
    Enfin, la liste utilise des données pour certaines très anciennes, qui ne correspondent plus forcément à la distribution actuelle de l'espèce.

    Il est recommandé de consulter les fiches rédigées par les experts pour des informations vérifiées et corrigées des biais mentionnés ci-dessus. Certaines de ces fiches sont téléchargeable dans la section Ressources externes

3.5 Carte des observations connues

Cette carte présente sous forme de synthèses à la maille de 10 km de côté les observations de l'espèces connues dans Borbonica. Le côté gauche de la carte permet de zoomer et dézoomer, de passer en plein écran, d'afficher la légende, ou encore de changer de fond de carte. Le curseur en bas de carte permet de n'afficher que les observations correspondant à une période donnée.

Observations connues

  • Même si le volume de données partagé dans le SINP augmente avec le temps, Borbonica ne prétend pas à l'exhaustivité des données. Aussi, la carte est indicative et ne doit pas être considérée comme une carte de répartition de l'espèce à La Réunion.

    En effet, elle repose sur des données qui ne sont pas associées à une démarche systématique d'inventaire permettant de corriger les biais statistiques liés aux différences d'efforts de prospection selon les zones.
    Par ailleurs, certaines données peuvent exister mais ne pas encore être intégrées à Borbonica.
    Enfin, la carte affiche des données pour certaines très anciennes, qui ne correspondent plus forcément à la distribution actuelle de l'espèce.

    Il est recommandé de consulter les fiches rédigées par les experts pour des informations vérifiées et corrigées des biais mentionnés ci-dessus. Certaines de ces fiches sont téléchargeable dans la section Ressources externes

3.6 Communes et observateurs

Ce bloc situé sous la carte présente dans deux onglets différents la liste des observateurs à l'origine des données ainsi que la liste des communes dans lesquelles l'espèce est observée. Le nom de chaque espèce est cliquable et permet d'ouvrir la fiche commune associée.

Aspect général de la fiche espèce

  • Lors de la transmission de données au SINP, le producteur indique s'il souhaite que le nom des observateurs soit flouté ou pas. Aussi, seuls les observateurs dont le nom n'est pas flouté apparaîssent dans la liste des observateurs.

3.7 Graphiques

Deux graphiques sont générés automatiquement à partir des données de Borbonica :

  • la répartition des observations par classe d'altitude
  • la répartition des observations par mois

Bloc graphiques

  • Même si le volume de données partagé dans le SINP augmente avec le temps, Borbonica ne prétend pas à l'exhaustivité des données. Aussi, les graphiques sont indicatifs et ne doivent pas être interprétés comme une caractérisation de la distibution altitudinale ou de la phénologie des espèces.

    En effet, ils reposent sur des données qui ne sont pas associées à une démarche systématique d'inventaire permettant de corriger les biais statistiques liés aux différences d'efforts de prospection selon les zones.
    Par ailleurs, certaines données peuvent exister mais ne pas encore être intégrées à Borbonica.
    Enfin, les graphiques utilisent des données pour certaines très anciennes, qui ne correspondent plus forcément à la distribution actuelle de l'espèce.

    Il est recommandé de consulter les fiches rédigées par les experts pour des informations vérifiées et corrigées des biais mentionnés ci-dessus. Certaines de ces fiches sont téléchargeable dans la section Ressources externes

3.8 Ressources externes

Ce bloc situé sous la carte présente des ressources externes liées à l'espèce. Il peut s'agir de guides d'identification, de protocoles de collecte de données, de fiches sur les usages possibles… sous la forme de documents au format pdf ou bien de pages accessibles en ligne. Un hyperlien permet l'ouverture directe de chaque ressource, dont une description détaillée est accessible en cliquant sur la flèche en bout de ligne.

Pour chaque espèce, on retrouve systématiquement les ressources suivantes :

  • accès détaillé aux données de Borbonica utilisées dans la fiche. Ces données peuvent être explorées et téléchargées dans le portail Borbonica selon les droits définis par la charte régionale du SINP
  • accès aux données de l'espèce issues du portail national d'accès aux données d'observation sur les espèces, OpenObs. Des échanges réguliers sont organisés entre BOrbonica et OpenObs afin de faire converger les données présentes sur les deux portails
  • fiche de l'espèce dans l’Inventaire National du Patrimoine Naturel (INPN) qui détaille le statut de l'espèce, sa taxonomie, etc.

Bloc ressources externes

  • Si vous souhaitez diffuser des ressources via l'atlas, n'hésitez pas à contacter l'équipe projet Borbonica pour organiser ce partage via la rubrique Contact en bas de page.

3.9 Vidéos et sons

Ce bloc situé sous le bloc “informations sur l'espèce” s'affiche lorsque des médias de type vidéos ou sons sont associés à l'espèce.

Bloc vidéo

  • Si vous souhaitez diffuser des ressources via l'atlas, n'hésitez pas à contacter l'équipe projet Borbonica pour organiser ce partage via la rubrique Contact en bas de page.

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4. Fiches communes

Chaque commune dispose d'une fiche qui synthétise les observations de Borbonica réalisées sur la commune :

  • nombre total d'observations, d'espèces et d'observateurs
  • carte des observations sur la commune
  • liste des espèces observées

Fiche commune générale


4.1 Liste des espèces

Les espèces sont présentées sour la forme d'un tableau dont les colonnes peuvent être ordonnées en cliquant sur l'entête, ou filtrées avec la barre de recherche en haut à droite.

Pour chaque espèce, il est possible :

  • d'obtenir des informations détaillées (nom vernaculaire, protection, invasibilité, date de dernière observation) en cliquant sur le symbole “+” en début de ligne
  • d’afficher les observations sur la commune sous la forme de mailles carrées de 10km de côté en cliquant sur le symbole en forme d'oeil
  • d'afficher la fiche espèce détaillée

4.2 Carte des observations connues

La carte illustre selon les cas :

  • les 100 dernières observations sur la commune. Le clic sur une maille affiche les espèces observées dans la maille
  • les observations d'une espèce donnée, avec une couleur variant selon le nombre d'observations. Le clic sur une maille affiche le nombre d'observations et la date de dernière observation

Le côté gauche de la carte permet de zoomer et dézoomer, de passer en plein écran, d'afficher la légende, ou encore de changer de fond de carte. Le curseur en bas de carte permet de n'afficher que les observations correspondant à une période donnée.

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5.Galerie photos

La galerie photos offre à découvrir de manière aléatoire des espèces de la faune et la flore réunionnaises. Ces photographies sont issues de différentes sources, en particulier de l'Inventaire national du patrimoine naturel (INPN). Toutes les photos mentionnent leur source (dont le nom d'auteur) et la licence sous laquelle elles sont diffusées.

Il est possible de trier les photos par nombre d'observations associées en cliquant sur le bouton “double-flèche en haut à droite”. Vous pouvez également les filtrer en sélectionnant un nom d'espèce dans la barre de recherche, ou bien en cliquant sur l'imagette correspondant aux groupe taxonomique qui vous intéresse.

Galerie - interface générale

Au clic sur une photo, une fenêtre apparaît et permet de faire défiler les différentes photographies associées à l'espèce à l'aide des flèches apparaissant sur les côtés, avec une description de leur source. Le bouton “fiche espèce” permet d'afficher la page détaillée de l'espèce.

Galerie - interface générale

  • Seules les espèces associées à des photos et à des observations dans Borbonica sont visibles dans la galerie. Il est possible de partager ses photos afin qu'elles alimentent l'atlas, voire même l'INPN qui valorise les photographies diffusées en licence libre via un service web. Si vous êtes intéressé, vous pouvez contacter l'équipe projet Borbonica via la rubrique Contact en bas de page.

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6.Précautions concernant l’utilisation des données

Même si le volume de données partagé dans le SINP augmente avec le temps, Borbonica ne prétend pas à l'exhaustivité des données. Aussi, les diverses synthèses présentées dans l'atlas (graphiques, cartes…) sont indicatives et ne doivent pas être interprétées comme une caractérisation de l'écologie des espèces.

En effet, elles reposent sur des données qui ne sont pas associées à une démarche systématique d'inventaire permettant de corriger les biais statistiques liés aux différences d'efforts de prospection selon les zones.

Par ailleurs, certaines données peuvent exister sans avoir fait l'objet d'une intégration à Borbonica.

Enfin, Borbonica contient des données pour certaines très anciennes, qui ne correspondent plus forcément à la distribution actuelle de l'espèce.

Il est recommandé de consulter les fiches rédigées par les experts pour des informations vérifiées et corrigées des biais mentionnés ci-dessus. Certaines de ces fiches sont téléchargeable dans la section Ressources externes des fiches espèces.

  • Il est possible de partager ses données (observations, photos, fiches espèce...) afin d'alimenter l'atlas et de contribuer à rendre les données de Borbonica de plus en plus complètes. Si vous êtes intéressé, vous pouvez contacter l'équipe projet Borbonica via la rubrique Contact en bas de page afin d'organiser ce partage.

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